关于商周史实，《竹书纪年》的很多记载与甲骨文、金文符合。比如：“（殷）祖乙胜即位，是为中”，与甲骨文“中祖乙”的称谓相合。但有些地方，《竹书纪年》与传统记载有很大不同，比如“太甲杀伊尹”、“文丁杀季历”、“共伯和干”等，传统史书很可能是在思想影响下本着“为尊者讳”的而进行了改动，反不如《竹书纪年》的记载可信。杜预曾就《竹书纪年》所记“太甲杀伊尹”事说：“此为大与《尚书》叙说大甲事乖异，不知老叟之伏生，或致昏忘，将此古书亦当时杂记，未足以取审也。”
有专家认为，“杜预申以注释”一语，与史实略有出入。杜预在晋武帝太康元年（280年）三月平吴之后，自江陵还襄阳，解甲休兵，“乃申抒旧意，修成《春秋释例》及《经传集解》”。在《春秋经传集解》“始讫”，才在秘府得见汲冢竹简。杜预虽未以《竹书纪年》来注释《春秋》经传，但对《竹书纪年》和《左传》作了比较，他的结论是：“其著书文意大似《春秋》经传，推此足见古者‘国史’、‘策书’之常也。”“诸所记多与《左传》符同，异于《公羊》、《谷梁》：知此二书近世穿凿，非《春秋》本意审矣！虽不皆与《史记》、《尚书》同，然参而求之，可以端正学者。”《竹书纪年》与《春秋》相近，尤其是《左传》，这是最可宝贵的国史！
春秋战国时期，都有史官记录的史书，如晋《乘》、秦《记》、楚《俦杌》，鲁国的史书是《春秋》。但今本的《春秋》和其他史书不同，有着义理的在其中，这是因为今天看到的《春秋》是孔子改动过的《春秋》。孔子对鲁国国史《春秋》主要作了两方面的重要改动：起讫时间缩短在鲁隐公元年（公元前722年）至鲁哀公十四年（公元前481年），因为其时“世衰道微，有作，臣弑其君者有之，子弑其父者有之”，在文字上进行了义理褒贬处理：“其事则齐桓、晋文，其文则史。孔子曰：‘其义者丘窃取之矣。’”对鲁国国史的义理化改动是件大事，所以孔子自己也心情沉重：“《春秋》，天子之事也。是故孔子曰：‘知我者其惟《春秋》乎！罪我者其惟《春秋》乎！’”
《竹书纪年》记载的“鲁隐公及邾庄公盟于姑蔑。”而《春秋·鲁隐公元年》的记载是：“三月，公及邾仪父盟于蔑。”《左传》是：“三月，公及邾仪父盟于蔑——邾子克也。未王命，故不书爵：曰仪父，贵之也。”因为周王室并没有封邾子克为公，所以不能以公的爵位称呼他；但他毕竟是个尊者，所以称他为仪父。名实称谓事关礼制大事，春秋时代礼崩乐坏，坏就坏在周公制定的礼乐制度不再被遵守。正名分、寓褒贬，这就是孔子的《春秋》笔法。
《竹书纪年》记载的“周襄王会诸侯于河阳”，《春秋》同样也有记载，《春秋·僖公二十八年》曰“天王狩于河阳”，不说“会诸侯”而用了一个“狩”字。河阳属于晋的领地，并不是周天子狩猎的地方。按照礼制，周天子去河阳会诸侯，是件大失体统的事，所以孔子用心良苦地选用了一个“狩”字，既反映了历史的真实，又了周天子的。对此，《左传》的记载为：“是会也，晋侯召王，以诸侯见，且使王狩。仲尼曰‘以臣召君，不可以训。’故书曰‘天王狩于河阳’，言非其地也，且明德也。”《史记·晋世家》：“孔子读史记至文公，曰‘诸侯无召王’、‘王狩河阳’者，《春秋》讳之也。”
马王堆帛书《要》篇记孔子之言：“赞而不达于数，则其为之巫；数而不达于德，则其为之史。”所以孔子说“我观其德义耳”、“吾求其德而已，吾与史巫同涂而殊归者也”。的要求是“幽赞而达乎数，明数而达乎德”。孔子《春秋》对史官记录的史书进行义理化处理，正说明关注的是与同数的人德，即、伦理等关系社会人事的一面。孔子作《春秋》，是有意义有目的的撰述，其后的史学著作都强调有义理的撰述。
司马迁是世袭的太史令，掌天时星历，也讲“”。《史记》十二本纪，纪本自古史记注《竹书纪年》，十二纪之数仿《吕氏春秋》。《秦本纪》、财神节是哪天《项羽本纪》本属世家，列入本纪：《十二诸侯年表》“谱十二诸侯”，而内容有十三国；《天官书》屡言十二星，而实际星数并非都是十二个，这些都是为十二这个“”。但司马迁作《史记》，有其撰述之志，即“究天人之际，通古今之变，成一家之言”；然而所谓“一家之言”，还是“厥协六经异传，整齐百家杂语”，与“罢黜百家，独尊儒术”的思想相符合。
东汉的荀悦对史学有巨大贡献，他不仅第一个设置专职史官，还写了汉代第一部编年体史书《汉纪》，发凡起例之功不可磨灭。时人以“班、荀二体”来表明纪传体（班固《汉书》）和编年体（荀悦《汉纪》）这样两种古代最重要的史书体裁。正是在《汉纪》中，荀悦提出了“典经”这一概念，“经”是，“典”则是指史志。荀悦指出“立典有五志”：达、彰法式、通古今、著功勋、表贤能，这就是荀悦“志”（意为记述）史的五条标准。义理仍是史志的指导原则，但毕竟史志地位上升成为“典”。
《竹书纪年》的出现对晋代史学的产生了很大的影响，在出土古史整理研究热潮的直接刺激下，一下子出现了许多编年史著作，单就写晋代史言，就有习凿齿的《汉晋春秋》、孙盛的《晋阳秋》、檀道鸾的《续晋阳秋》、干宝《晋纪》、陆机《晋纪》附《晋惠帝起居注》、曹嘉之《晋纪》、邓粲《晋纪》、徐广《晋纪》、郭季产《晋录》、刘谦之《晋纪》、裴松之《晋纪》、王韶之《晋安帝纪》、刘道荟《晋起居注》，此外还有李轨及佚名的晋各朝起居注以及未明作者的《晋纪》遗文。大量编年史直接以“纪”、“春秋”、“阳秋”为名，表明是摹仿《竹书纪年》和《春秋》而作。实际上，《竹书纪年》的影响是多方面的，如臣瓒的《汉书音义》、徐广《史记音义》，都采用了《竹书纪年》的材料；司马彪根据《竹书纪年》驳难谯周的《古史考》有122处不当，对于史学考据史料、辨伪考实都有很大的推进意义。
从干宝及晋代众多史家的著作中看，史书已经有了自己相对的目标和思想，史家也逐渐形成了一整套服务于此的史书撰述方法。与史学思想和撰史方法思考的日趋成熟相呼应，魏晋时期大量史书涌现纪传体、编年体以及史注、实录多种著述形式；官家、私家修史大量出现；传记、谱牒、地志以及各类汇编，总集类的史料书籍盛行，中国史学终于。
负责整理“汲冢书”的荀勖是荀悦的族后辈，在荀勖为国家图书的编目《中经新簿》中，图书被分成了甲、乙、丙、丁四部，其中丙部包括史记、旧事、皇览簿、杂事。书籍四部分类的产生，表明史学无论从其实质内容还是史书的书籍形式上，都已经彻底摆脱了附庸的地位，成为完全的学术门类。荀勖的四部分类中，“汲冢书”和诗赋图赞同属丁部，表明这是按照图书插架的方便而作的图书分类，新近入库的汲冢书和有图的图赞被放在最末。到了南朝宋文帝时，儒、玄、史、文四门学的设立，更表明在国家教育的学科设置中史学已成为一门专门的学科。
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