军舰悬挂本国国旗，表示国家的，同时表明军舰的国籍。国旗上方是不允许悬挂其他旗帜的，但某些国家，旗可悬挂于国旗上方，含义是“本舰官兵在作礼拜”。
当国家元首或总理登舰时，应悬挂国旗，国旗的悬挂，应挂在前桅横桁上。若军舰停泊在外国港口时，应悬挂停泊港国国旗，表示对这个国家领土的尊重和对人民的友好。
从15世纪以后，军旗在军队中成了所在部队的圣物，大多数军队对军旗在队列中的、对旗帜的礼仪、护卫和保管，都做了严格的。
世界大多数国家海军都有自己的海军旗。一种是国旗就是海军旗，如美国、、菲律宾等国，一种是将国旗设计在海军旗的左上角，如英国、印度等国，另一种是国旗的变形设计，如日本海军旗就是在国旗的红园心处向外成辐射状的排列16条红道，再如、挪威、则是把国旗图案的后部设计成缺口状尖形的海军旗。中国人民解放军的海军旗是在原“八一”军旗下部加蓝杠白底的制式。
“满灯”是海军舰艇在夜间按沿满旗并围绕舰舷和上层建筑（即舰桥，也称舵楼）的轮廓挂满彩灯的一种称呼，用于迎接国家元首、首脑、军队高级将领，举行隆重庆祝活动。
“满旗”是海军昼间按悬挂国旗、军旗，并由舰首通过桅杆连接到舰尾柱挂满通信旗的仪式，用于迎接国家元首、首脑、军队高级将领，庆祝重大节日，举行隆重活动。
1866年清总理事务衙门设计了一面龙旗，，三角型，旗上画有双龙戏珠，龙为青色，珠为红色，作为中国舰船的旗帜，这要算中国第一面海军旗了。1888年，北洋舰队正式成军，海军旗改为长方形，图案、颜色都不变。1911年中华成立，海军旗定为青天白日旗，后由孙中山修定为红色旗，右上角镶青天白日图案。现在人民海军是在“八一”军旗下方添有蓝白色条纹，图案非常醒目。
军舰上有时会挂示许多五彩缤纷的旗帜来，这些旗帜中，除国旗，军旗、指挥旗之外，主要是国际信号通信旗。
国际信号通信旗，是国际通用的、专供舰船之间或岸舰之间，互相通信联络用的信号旗，仅这类旗帜就有4种、40面，包括26个字母旗、10面数字旗、3面代用旗、1面回答旗。每面旗都代表某种意义，如表示靠码头、装卸品、战斗警报等，或用3面组成一组表示某种意义，一组不够还可用数组。通信时信号旗是挂在桅杆横桁的信号绳上。
中国人民解放军华东军区海军诞生遇到的第一个问题是对现有的舰艇如何命名此时有人提议用和将军的人名。消息传到那里，他笑着说，历史是人民创造的，用人名不妥。我们人民海军刚刚组建，现有的战舰是我们海上的根据地，是星星之火。这几句话实际上是一种，这样，原海防第一舰队旗舰“长治”号，被命名为“南昌”号。1927年8月1日南昌起义，中国有了自己的武装，“南昌”号的寓意是很明显的了。在1950年4月23日，华东军区海军举行了舰艇命名典礼，一艘艘银灰色的舰艇都展示了他崭新的舰容和舰名—“井冈山”、“延安”、“遵义”、“古田”、“兴国”、“瑞金”、“大别山”等。这是人民海军第一批命名的舰艇。
日本将本国的山名用在舰上，河名用在护卫舰上，水文名用在潜艇上。日本将4支“八八”舰队中的直升机母舰和“宙斯盾”级舰，以日本国内的山名命名，如“白根”、“榛名”、“金刚”等，而其他舰则用“旗风”、“夏云”、“村雨”、“夕雾”等气象名，也用了月亮这个，如“高月”、“望月”等。这样，同是舰，但你一眼就看出山名就是主力舰了。护卫舰用的是“筑后”、“吉野”、“千岁”、“石狩”等河流名。
扫雷舰用的是岛屿名，如“八重山”、“对马”等。布雷舰则用海峡、水道名，如“谷”、“早濑”、等。登陆舰在日本称运输舰，它是以半岛命名的，如“三浦”、“牡鹿”、“大隅”等。
美国海军舰艇用美国历史上著名战役或军人物为航空母舰命名，如“中途岛”、“罗斯福”、“尼米兹”等。用美国州名为战列舰命名，如“”、“密苏里”、等。用大城市和海军将官为巡洋舰命名，如“”、“哈尔西”等。用历次海战中曾立奇功的海军军官、陆战队员、海军将领及一些著名议员为舰命名，如“威尔逊”、“马汉”、“麦考密克”等，但偶尔也用风景胜地，如“黄石公园”等。两栖军舰肯定要用登陆战役命名了，如“冲绳岛”、“瓜达尔卡纳尔”等。军火船用“”、“火山”、“火”来命名，如“硝石”、“焰火”、“贝克山”等。扫雷舰的命名较抽象，如“”、“”等。医疗船的船名很贴切，叫“安慰”、“休息”、“镇静”之类的多。唯有潜艇的命名较复杂，用的是鱼类名。
目前，俄北方舰队中有“黑豹”、“雪豹”、“狼”、“豹”、“虎”、“公野猪”、“猎豹”、和“美洲豹”号命名的潜艇。由此可看出，对豹科动物很感兴趣，大概他们期望潜艇像豹科动物一样敏捷、凶猛。
新中国成立后，人民海军虽然曾在1956年有派舰到海参崴访问的设想，但由于种种原因而没有成行。
20世纪70年代后，我军开始拥有了自己设计制造的舰船。进入80年代，随着外国海军频频来访，为进行回访，增进友谊，进行交流，1985年11月16日，由东海舰队司令员聂奎聚率领的舰艇编队对南亚三国的访问，翻开了新中国海军舰艇出访的首篇，编队的舰艇是：由我国建造的132号导弹舰和X615远洋综合补给舰组成的编队，从上海吴淞港启航，访问了巴基斯坦、容祖儿 春卷 杨受成斯里兰卡和孟加拉三国，历时65天，于1986年1月19日回到上海。
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