1991年8月3日自治区家畜冷冻胚胎移植站在呼和浩特东南郊建成投产。移植站的建成投产，标志着自治区畜牧改良事业已由传统单一人工授精技术多元化家物工程技术时代。
随着我区畜牧业和家畜改良事业的不断发展，家畜改良机构经历了从无到有、从小到大、从散乱到健全。成立于1974年的自治区家畜改良工作站，于1987年增设了自治区家畜冷冻胚胎移植技术推广站。
1995年，家畜冷冻胚胎移植新技术推广站并入自治区家畜改良工作站（另挂肉牛繁育中心）。
为适应我区现代畜牧业发展要求，更好地服务于全区畜牧业发展和提供的技术支撑，方便沟通和争取国家项目和资金，更好地开展各项业务工作，2016年，自治区家畜改良工作站更名为“自治区畜牧工作站”。
目前，自治区畜牧工作站现已发展成为集畜禽改良科研、技术推广、种源生产、种畜禽质量监测于一体的全区畜禽改良社会公益性服务中心。
畜牧业是我区基础产业，畜禽改良事业是提升畜禽个体产出能力、增加农牧民收入、畜产品有效供给、惠牧政策落到实处和畜牧业产业“提质增效”的最基础性工作，为我区畜牧业发展提供有效的技术支撑和保障，是发展畜牧业商品经济和实现畜牧业产业化的核心和重要内容。
近年来，畜禽改良事业，为把我区建设成绿色无污染畜产品加工输出和促进畜牧业稳定、健康、持续发展做出大量的贡献，对于实现畜牧业可持续发展、增加农牧民收入具有重要的战略意义和深远的历史意义。
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